A história do Instituto Federal Sudeste de Minas Gerais (IF Sudeste MG) começa em 1910, com a instalação do “Aprendizado Agrícola de Barbacena”, no município de Barbacena. Após diversas denominações, ele transformou-se na Escola Agrotécnica Federal de Barbacena, que viria a ser, em 2008, um dos campi integrantes do IF Sudeste MG.

Em 2008, transformou-se em campus não apenas a referida escola barbacenense, mas também: o então Colégio Técnico Universitário (CTU – originado em 1957 como Escola Profissional vinculada à Escola de Engenharia da Universidade Federal de Juiz de Fora) e o Centro Federal de Educação Tecnológica de Rio Pomba (Cefet –RP, criado em 1962 como Escola Agrícola do município). Estas três instituições são hoje os campi Barbacena, Juiz de Fora e Rio Pomba, respectivamente.

Com a expansão da Rede Federal, criaram-se os campi Muriaé (2009), São João del-Rei (2009), Santos Dumont (2010) e Campus Avançado Bom Sucesso (2011), mais tarde seguidos pelo Campus Manhuaçu e pelos campi avançados de Cataguases e Ubá, que receberam autorização de funcionamento pelo Ministério da Educação em 2015.
Em Juiz de Fora encontra-se, ainda, a Reitoria do IF Sudeste MG.