Em 1897, o Governo da Bahia implantou a Fazenda Modelo de Criação em Catu para promover a criação de gado através de técnicas pecuárias. Em 1964, passou ao Ministério da Agricultura e mudou para Colégio Agrícola de Catu. Em 1966, tornou-se Colégio Agrícola Álvaro Navarro Ramos com a finalidade de ministrar ensino de segundo grau com formação de técnicos em agropecuária. Em 1967, passou ao Ministério da Educação e Cultura e tornou-se escola. 

Em 1993, as Escolas Agrotécnicas Federais (EAFs) de Guanambi, Santa Inês e Senhor do Bonfim foram criadas. Em 2008, as EAFs e a escola de Catu tornaram-se IF Baiano. Em 2010, Bom Jesus da Lapa e Governador Mangabeira foram implantadas. Em 2012, as unidades de Alagoinhas, Itaberaba, Serrinha e Xique-Xique. Em 2013, a integração das EMARCs da Ceplac de Itapetinga, Teixeira de Freitas, Uruçuca e Valença.

Além da sede (Salvador), temos quase 11 mil estudantes em 14 campi e polos de Educação a Distância (EAD) nos interiores baianos e um Centro de Referência na capital.